Si ya tienes una variable de sesión creada que identifica a tu usuario .. sólo tienes que intercalar un código PHP que sea el "lanzador" de tus links para que este haga dos cosas:
1) registre tu conteo nuevo ..
2) siga redireccionando ..
lanza_link.php?link=http://www.tal.tal
Código PHP:
<?
// ejecutas una sentencia SQL para actualizar ... Algo tipo ... (con más etc de código ..)
$sql="UPDATE contador SET contador=contador+1 WHERE link='".$_GET['link']."'";
// redireccionas donde ivas ...
header("Location: ".$_GET['link']);
?>
Todo esto lo puedes mejorar mucho .. por ejemplo si no creas los links -antes- en tu BBDD .. puedes crearlos si no existen en ese instante ..
Un saludo,