Lo ideal es que uses:
Zend Guard
http://www.zend.com/products/zend_guard
PHP Encoder
http://www.ioncube.com/
Este tipo de herramientas "psudo-compilan" el código PHP para protegerlo. Tanto de copias .. como de instalaciones en otros servidores (por IP/MAC Adrress incluso) .. puedes definir expiración de la aplicación .. etc.
De hecho algunos de estos requieren de ciertos requisitios instalados en el servidor: extensiones o similar .. Esa es la "grácia" del que el sistema funcine. Por ende si tu "vendes" tal cual tu aplicaciòn a tu usuario debes confirmar que tengan en sus servidores lo que la aplicación que uses requiera y por ende, hacerle entender a tu cliente el por qué lo necesitas si corresponde.
Un saludo,