Claro el codigo PHP es legible desde el server (despues de todo son archivos de texto comunes y corrientes).
Lo que hace los "obfuscadores" es enredar el code por decir, si tu tienes un code asi:
Código PHP:
function hazalgo( $un_param, $otro_param ) {
return $un_param + $otro_param;
}
El "obfuscador" hace esto:
Código PHP:
function y($a,$b){return $a+$b;}
Haciendolo ilegible y dificil de ver que es lo que hace, claro esta no es una proteccion muy seria, si de lo contrario usas el Zend o el IonCube Encoder, eso es otra cosa.
Lo que hace es "compilar" el codigo PHP a bytecodes, y los almacena en sus archivos, esto acelara el ejecutar el codigo php ya que el interprete ya no tiene que compilar los archivos antes de ejecutarlos, por lo que se optimiza un poco el tiempo de ejecucion.
Espero esto aclare tus dudas
