Pero que mètodo usas para imprimir texto en el documento PDF que estàs generando?
(como siempre .. el còdigo que tú estàs usando es -importante- que lo muestres).
En general si revisas la documentaciòn de FPDF veras que hay un mètodo:
MultiCell
http://www.fpdf.org/es/doc/multicell.htm
Segùn describe ahì se ajusta una "celda" y se limita los margenes (alto, ancho .. ) y además incorpora la funcionalidad de hacer un "word pad" (dar el salto de linea si es necesario) si se superan los margenes el texto que mandas a la celda en cuestión. Hasta permite justificación y todo ...
Un saludo,