Las técnicas del control del buffer de PHP (ob_start()) y afines están para eso mismo .. No tendrás problemas .. Lo que hacen esas funcioens es darte el "HTML" generado.
Cita: ¿Tendria que hacer cuerpos($cuerpo) distintos cada vez que el codigo cambie?
No te entendí ... El código presentado con el manejo del buffer .. ya llama a tu script PHP original (el que generar tu "informe" a enviar) en forma totalmente dinámica .. cada vez que envias un e-mail se ejecuta tu otro código .. así que si cambias tu "email_folio.php" .. no afecta para nada al código del que compone el e-mail para enviarlo y su proceso própio.
Un saludo,