Supongo que has probado a cambiar el orden de los div, no?? Según creo, html "imprime" en el mismo orden en el que escribimos el código. Así que si quieres que #menu aparezca por pantalla antes que #content, #footer sólo has de:
<div id="header">bla bla bla</div>
<div id="menu">bla bla bla</div>
<div id="content">bla bla bla</div>
<div id="footer">bla bla bla</div>
A partir de aquí sólo has de trabajar con CSS para dotar a cada "contenedor" de las características que quieras.
Si no te refieres a eso, no entiendo o que quieres averiguar. Un saludo!