Aunque es otra cuestión, al poner el encabezado como xhtml, el navegador lo que si interpreta diferente es las hojas de estilos.
Una diferencia es lo "estricto" que debe ser, por ejemplo cerrar etiquetas.<p> con </p>. Incluso las etiquetas únicas como <br> se recomienda cerrarla con <br />
La especificación xhtml 1.0 podría interpretarse como una lista de buenas costumbres al codificar, por ejemplo anidar correctamente
<p><strong>Hola</strong><p> y no <p><strong>Hola</p></strong>
Para lo que sirve es para hacerlas cosas un poco mejor y prepararse para lo que siga.