Desconozco el tipo de "hash" que usa los usuarios de "Apache" para su .htpasswd y autentificaciòn .. pero la prueba màs simple es que crees una contraseña con las herramientas que Apache proporciona para tal fin y luego la compares con lo que con PHP generas .. ahí veras tu si es lo mismo.
De paso revisa la ducomentación al respecto .. habla de crypt() pero tambièn de md5() ...
http://httpd.apache.org/docs/1.3/programs/htpasswd.html
Un saludo,