Pues no entendi muy bien tu problema pero ahy te va este código:
<?php
$registro1 = array ('1', '3', '5', '6', '8', '7', '9');
$registro2 = array ('2', '4', '6', '8', '10');
for($i=0; $i < count($registro1); $i++)
{
if (!array_search($registro1[$i], $registro2))
echo $registro1[$i]." ";
}
?>
este código lo que hace es comparar los datos de registro1 con registro2 y si registro1 tiene datos de registro2 no los muestra. Espero te sirva de algo o por lo menos te haya dado una idea. Suerte