problemas con fedora 5 y ie (URGENTEEEE)

[mousi]

hola un favor soy nuevo en esta comunidad pero tengo un problema que ya no se como afrontarlo, estoy construyendo un portal web en php con mysql, mi servidor web esta con fedora a la hora que levanto la web y lo veo en cualquier maquina con ie y sistema operativo windows, los javascript no funcionan, mas cuando lo ejecuto en forma "local" sin levantarlo al servidor desde una maquina con windows no hay problema, en primera instancia lo solucione parcialmente ya que mis funciones en java script los tengo en otro archivo, a los cuales lo invoco desde la web con <script scr="funciones.js"></script>si los voy a usar, pero parece que existe un problema con eso, porque al copiar las funciones de java script a la pagina de php si funciona, salvo algunos script , por eso es que les pido ayuda urgente, si fueran tan amables de darme una solucion inmediate ya que de esto depende mi permanencia en un trabajo.. gracias