El Subtitle Workshop te serviría para crearte los subtítulos, pero no para pegarlos. Para esto necesitas otro programa que recomprima el vídeo. Ya dependería de qué formato tenga... no es lo mismo subtitular un AVI que un MPG, y también depende de en qué formato lo quieres obtener (por ejemplo si tienes un AVI y lo quieres en MPG, puedes pegar los subtitulos y a la vez convertirlo a MPG, así te ahorras mucho tiempo).
Te paso este enlace con algunos manuales que te servirán, si tienes alguna duda ponla por aqui.
www.mundodivx.com/subtitulos/index.php 