Si están en avi, están fusionados
No se pueden quitar salvo que cortes el trozo de imagen, asi que por ejemplo si los tienes pegados en la banda negra inferior, podrías cortar esa banda y así desaparecerían.
De todas formas un día vi un filtro para virtualdub que servía para quitar subtítulos, lo que pasa es que era de una complejidad inimaginable...
No te aconsejo ni que te molestes en buscarlo
