Leyendo tu otro post, bien pudiera ser que no cerró bien el archivo al cancelarse la operación tras los 90 segundos de la versión demo del programa, también te puedo decir que pasar directo de flv a wmv se me hace algo complicado, lo recomendable es pasarlo a mpg primero, y luego a wmv
No te recomiendo software porque pides que no se te recomiende ...