el mplayer reproduce todo
http://www.mplayerhq.hu/
mencoder (movie encoder) viene junto al mplayer y lo podes utilizar para pasar el flv a avi usando los algo asi
mencoder in_movie.flv -ovc lavc -lavcopts vcodec=mpeg4 -oac mp3lame -o out_movie.avi
alternativamente podes usar el ffmpeg
http://ffmpeg.mplayerhq.hu/
ffmpeg -i in_movie.flv out_video.avi
o si solo te interesa reproducirlo
ffplay video.flv (ffplay viene junto a ffmpeg)