Perdón, cometí una pequeña omisión en el ejemplo. Me faltó agregar en la URL el nombre de la variable:
Código HTML:
<a href="destino.html?mivariable=
<script type='text/javascript'>document.write(miVariable);</script>">
Esto es un link</a>
Ahí si, de esa manera la url quedaría:
Código HTML:
destino.html?mivariable=hola