¿Y por qué titulas el post "VirtualDubMod o VirtualDub"? A esa pregunta te respondería que el Virtualdubmod le da mil vueltas al Virtualdub, sobre todo pq soporta más formatos.
Respecto a tu problema, no sé por qué te habrá funcionado otras veces y ahora no, sobre todo si no has cambiado nada. De todas formas puedes probar exportando tu vídeo con otro codec que no sea huffyuv, por ejemplo como AVI DV o con Motion JPEG. Si lo haces, debes instalar también un codec compatible para el virtualdubmod, el del AVI DV lo puedes descargar desde
www.mainconcept.com y el del MJPEG no te puedo decir...
Un saludo