La S, R y la D son abreviaturas para los nombres de las tablas, si utilizaras access deberias ponerlo como
.... from Region As R .... en lugar de
.... from Region R .... select S.codigo_region, R.nombre, S.CONTADOR
from Region R, (Select D.codigo_region, count( D.Codigo) CONTADOR From Departamento D group by D.codigo_region) S
where S.CONTADOR >3
and S.codigo_region=R.codigo_region
Como ya te dije, con esta select consigues las regiones (id y nombre) y el número de departamentos de cada región ( si tiene más de 3).
Si quieres solo el nombre de las regiones quita de la primera línea el código y el contador, tendrás la lista de regiones que cumplen tu condición.
Si solo quieres saber cuantas, cambia la primera línea por
Select count(R.codigo)
Para el segundo punto ...
2. Ademas necesito una lista que muestre el nombre de cada region y el numero de empleado que posee.
Select R.nombre, count(E.codigo)
from Region R, Departamento D, Empleado E
where R.codigo=D.codigo_region and D.codigo=E.codigo_departamento
Group by R.nombre
Solo espero que entiendas cada consulta y aprendas algo, ya que de lo contrario no te hago ningún favor dandote el resultado.
Para cualquier duda ya sabes .
Un saludo.