Bueno... realmente falta mucha informacion para poder ayudarte.
Pero bueno, basicamente si el popup se abre desde el mismo documento en el que se encuentra el formulario deberias usar "opener." para acceder a cualquier elemento del documento.
Entonces, por ejemplo, para cambiarle el valor a un campo de texto con un id="input_text" lo que deberias hacer es aplicar lo siguiente en algun evento de algun elemento del popup:
Código:
opener.document.getElementById("input_text").value = "valor_que_quieras";
EJEMPLO:
Código:
<a href="#" onclick="opener.document.getElementById('input_text').value = 'valor_que_quieras';">Cambiar valor</a>