Eso ocurre cuando las coordenadas
quedan atravesadas en medio de un pixel... es decir, algo como
_x = 4.6 e _y = 44.1.
Siempre que establezcas las coordenadas de un MovieClip dinámicamente aplícale un Math.round al número y no tendrás ese problema.
Código:
miClip._x = Math.round(Stage.width-400);
//en lugar de miClip._x = Stage.width-400