el problema de los iframes no es el iframe en si sino el mal uso que se les dio lo que orillo a muchos a evitarlos y tener mal concepto de ellos. es como el flash, mucha gente lo odia por que hay muchos sitios que lo mal usan y termina siendo mas molesto que benefico.
existen otras formas de hacer lo que hace un frame como los includes o divs o incluso algo de XML pero los iframes facilitan mucho eso
checa por ejemplo en
www.ajalas.com cada pestaña del contenido principal es el contenido de una pagina externa utilizando AJAX, se pudiera hacer algo parecido con iframes pero no se veria tan integrado ni se podria manejar tan facil el tamaño, y varias cosillas mas.
Los iframes no son problema, el mal uso de ellos si, despues cuando estan a prendiendo a hacer paginas y descubren una tag que les agrade luego se abusa de ellas.