Es realmente muy sencillo usando el soft MacImage.
Este soft te crea un ISO para quemar en PC y que funciona perfectamente en ambas plataformas.
Te da 3 espacios para meter archivos, uno el de archivos mac (archivos hqx), un espacio para PC (archivos exe) y un espacio hibrido (digamos, archivos swf)
Ya que tienes los archivos en su lugar adecuado, creas un ISO, lo quemas y listo, en PC solo puedes ver los archivos hibridos y de PC y en Mac igual, solo puedes ver los archivos Mac y los hibridos.
La forma de hacer el proyecto en Flash es la siguiente:
Creas tu proyecto y exportas en swf, luego creas un proyecto del mismo tamaño y le das la acción "loadMovie" en el level_0 y cargas el swf, creas un exe y un hqx, así los ejecutables llamarán al swf que es un tipo de archivo aceptado por mac y pc y listo... en el mismo soft le puedes crear un "autorun" al sistema de mac