Hola Daniel! No he publicado el codigo ya que simplemente és:
<div align="left"><?php codigo php?><div>
<div align="left"><?php codigo php?><div>
El problema está en la visualizacion en IE ya que entre un div y otro deja mucha separación, en cambio en firefox no deja separación(en altura). Haber si alguien que se haya encontrado con el mismo problema sabe como solucionarlo.
Un saludo y gracias