hola,
el problema es que tienes que usar substring en lugar de substr, ya verás como así te lo hace bien:
Código:
texto = "https://www.miwebsite.com/swf/archivo.swf";
desde = texto.indexOf(":");
hasta = texto.indexOf("/swf");
mySubstring = texto.substring(desde, hasta);
trace(mySubstring);
Esto es por que el método substr no cambia la cadena especificada, sino que devuelve una cadena nueva.
un saludo,
sheshu