dentro de las herramientas de desarrollo java existe un package para comunicacion con puerto serie si quieres te lo mando a tu correo o descargalo de sun el package trae como instalarlo y algunos ejemplos de comunicacion puerto serie puerto paralelo el metodo de invocacion es
javax.comm pero te repito lo tienes que descargar de sun aqui te dejo la URL para que lo descarges o si quieres me mandas un correo y con gusto te lo mando
http://www.sun.com/download/products/43208d3d.xml