Hola, es raro que se borren los marcadores al actualizar Firefox
Bueno los marcadores de Firefox se encuentran en esta ruta:
X:\Documents and Settings\
Nombre de usuario\Datos de programa\Mozilla\Firefox\Profiles
Donde
X es la unidad donde está instalada Firefox y
Nombre de Usuario su nombre lo dice
Dentro de esa carpeta encontrarás un archivo llamado
Boolmarks, este contiene los enlaces de tus marcadores.
OJO que debes activar la opción "Ver archivos ocultos" ya que esta carpeta tiene esa propiedad.
Saludos