El problema es que el programa es demasiado automático y cuando falla no puedes hacer nada. Te recomiendo que hagas lo siguiente. Primero que extraigas los subtítulos forzados del DVD usando SubRip, la forma la tienes en:
www.mundodivx.com/subtitulos/subrip.php
Después, en el autogk no configures ningún subtítulo. Pulsas Ctrl + F8 y te aparecerá una opción para cargar subtítulos externos, ahí metes el que has hecho con subrip, y todo lo demás igual. Esta opción de subtítulos está en la versión 2.40, no sé si en versiones anteriores estaba
Suerte