Lo que pasa es que cuando se enseñaba a usar tablas, CSS no era muy famoso(casi desconocido), hoy en dia ha evolucionado mucho (css2). Pero depende de tí, si te manejas bien diseñando con tablas está todo bien, depende de cual te sientas más comodo...Volviendo al tema, he visto que IE no cumple varios estánderes del W3C, por eso la diferencia con los otros navegadores. No entiendo a Microsoft en su empeño de desviarse de lo establecido, queriendo crear su propio camino y pretender que todos lo sigan. Esto sólo crea un gran dolor de cabeza para los diseñadores web. En mi opinión no crees una página basada en IE, sino basándote en los estándares, si IE lo muestra mal, es su culpa.
Saludos.