Bueno, ya creaste tu archivo .htaccess y le diste permisos de escritura, entonces con esto cuando cambies alguna configuración de los permalinks ya no habrá problema, ahora, con las carpetas que mensionas me gustaría que nos dijeras que es lo que te lleva a esas direcciones, tengo mucho usando WP y jámas me a sucedido algo así.
Otra cosa, dice que cuando creas art. nuevos te crea esas carpetas, es que seguro en tu configuracion de los permalinks tiene la configuracion manual, te recomiendo que lo cambies a cualquier otra opción, de estas...
Predeterminado
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Basada en fecha y nombre
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Numérico
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aunque sería bueno que seleccionaras esta: "Basada en fecha y nombre", para indexarla mejor a Mr. Google...
Para llegar allí solo entra a Opciones / Permalinks :) ....
Espero servir de algo...
