Amigo el javascript no te funciono por que falta crear esa funcion confirmar si no me equivoco, te suguiero que estudies la posibilidad de ver que es mejor para ti si es mas seguro confirmar por javascript o por php, yo me acostubre con php eso es tu estilo y gusto al igual que tienes varias opciones si quieres en php sigue intentando lo que te sugeri cualquier cosa me avisas y vemos como solventamos si quieres en javascript haz esto...........
<script language="JavaScript">
function confirmar ( mensaje ) {
return confirm( mensaje );
}
</script> este ponlo antes del <body>
este iria en tu accion en el boton o link...
<a href="eliminar.php?id=5" onclick="return confirmar('¿Está seguro que desea eliminar el registro?')">Eliminar</a>
aqui te dejo la fuente del mismo
http://www.webexperto.com/articulos/...inar-registro/
espero te sea util...