Te voy a dar una solución que será la más acertada...
Una vez que tengas solo tu capa con las nubes... no importando que tengan transparencia o no... pero que estén sólo las nubes...
Vas a crearte un pincel con esas nubes y ahora sí, podrás aplicarlas en todos los fondos que quieras... ahora que si no deseas complicarte... ya hay packs de brushes con motivos de nubes.
En
DeviantArt encontrarás a montones.