Porque no subiste todos el contenido del wordpress directamente a la carpeta del ftp? ejemplo dentro de public_html, envés de subir la carpeta entera wordpress con los directorios dentro.aber subido solo los directorios y archivos del wordpress al public_html.
La idea que se me ocurre para solventar ese problema seria que creases un index.html y que lo redireccionaras hacia
www.tudominio.com/wordpress y asi se te abriría directamente tu blog.
Salu2
respecto l CUTE-FTP as probado crear un sitio de red, con los datos de tu ftp es mas rapido subir archivos etc.