A ver si esto te sirve:
  Código HTML:
 function confirmar(bandera)
{
if(bandera=="abrir")
  {
    if(confirm("¿Seguro que desea "+bandera+" el sistema?"))
       {
            ejecuta tu codigo... y quieres procesar un formulario entonces utilizas document.form.submit()
        }
else
  {
      ejecutas tu otro codigo
  }
}
}
<input name="Abrir" type="button" class="boton" value="Abrirlo" onClick="return confirmar('abrir');">
</p></td>
<input name="Cerrar" type="button" class="boton" value="Cerrarlo" onClick="return confirmar('cerrar');">  Espero que hoy si te ayude esto.
Salud2,
jars.