El atributo para volver transparente el fondo de un swf es wmode="transparent"
<object>
...
<param name="wmode" value="transparent"/>
<embed ... wmode="transparent" ... />
...
</object>
Lo de aparecer sobre el contenido de la pagina, se hace con capas (<div></div>) atributos position y z-index; y se controlan con javascript (para moverlo, cerrarlo, etc).
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