Que tal..
Si puedes usar Java, Exixten proyectos que trabajan directamente con AMF3 es decir la transaccion de datos entre cliente-servidor es binaria (Conservando datatypes) un ejemplo puede ser
http://www.themidnightcoders.com/weborb/
WebOrb soporta Java, PHP y Rubi si mal no recuerdo.
Hablando estrictamente de PHP prefiero udar AMFPHP que en su version 1.9 que es la ultima soporta tambien AMF3
De este ultimo escribi un tutorial de como comuncar Flex y AMFPHP lo puedes encontrar en
http://klr20mg.com/?p=144
Saludos!!