Gracias por las sugerencias.
De momento, he optado por lanzar mi applet por medio de un enlace que ejecuta el código openWindow de javascript. Con esto, he conseguido que mi applet se ejecute en una ventana diferente a la del propio navegador, aunque cuando lo cierro se me cierra también la página que tiene el enlace (y que sí está en el navegador).
Además, esta alternativa no me permite lanzar varias instancias del applet, pues todas se van a la misma ventana y sólo veo una
.
Por otra parte, para cerrar esta ventana hago un simple System.exit(0), pero al ejecutar sobre firefox, detecta la acción como que la sesión se ha cerrado incorrectamente (muestra el típico mensaje de restaurar sesión la siguiente vez que abro el navegador).
La opción de crear un JFrame y lanzar el applet en él la he pensado también, pero mi applet necesita un montón de parámetros y no sé cómo pasárselos, pues se va a lanzar desde un servidor escrito en C.
¿Alguna sugerencia más?
Gracias