Desde flash debes llamar a un .exe en lugar de a un .bat:
fscommand("exec", "archivo.exe");
en la carpeta fscommand:
archivo.exe
archivo.bat
archivo.pdf
escribes en el bat:
START archivo.pdf
El exe lo puedes descargar en este enlace, cambias el nombre en este caso por archivo.exe para que coincida con el nombre del bat y pdf:
http://www.flashkit.com/board/showthread.php?t=651082