Efectivamente. Esa línea es la DTD (definición de tipo de documento). Para centrar el contendor principal le aplicas un margen
auto que es correcto. El navegador cuando lee la DTD sabe bajo qué esquema debe trabajar para mostrar los elementos del documento.
Explorer 6 (en el 7 creo que está corregido) espera que la DTD se encuentre en la primera línea del documento. Cuando no entiende qué DTD debe usar (osea, bajo qué esquema basarse) usa uno al que llaman
quirks y bajo este modelo no se encuentra el centrado de un contenedor mediante margin: auto.
En tu disco local la DTD es la primera línea que encuentra, por lo tanto la entiende y usa el esquema adecuado. Por eso se visualiza centrado en tu versión local. Sin embargo al enviarla al servidor, este le añade código antes de la DTD, lo que confunde al IE y usa el esquema que no debe entrando en el
quirks mode
No puedes evitar que el server gratuíto agregue código. Lo ideal sería que uses un servidor que no te haga esta faena. En modo quirks lo que puede centrar un contenedor en IE es aplicarle un text-align: center al contendor padre (en tu caso, sería a body) pero eso provocaría que el resto de elementos heredasen esta propiedad y te centraría todo, aparte de que esto serviría sólo para IE.
Si estuviera en tu lugar trataría de encontrar un hosting que no insertara código en la primera línea.
Un saludo
