Problemas al llamar función.

[eits]

creo que ya voy entendiendo, lo que tu deberias de hacer es que la pregunta del javascript lo hagas antes de llegar a la pagina que eliminará el registro, es decir en la pagina anterior donde seleccionas al registro a borrar.

suponiendo que tienes un registro mostrado en pantalla

Edgar Israel borrame

al hacer click en borrame(puede ser un link o boton) en su evento onclick llamas a tu funcion borrar() y le pasas como parametro el id del registro a borrar

la funcion borrar tendría algo mas o menos asi

function borrar(id)
{
if(confirm("esta seguro ?"))
document.location="elimina.php?id="+id;
else
return false;
}

esto es una idea y espero que te sirva.

saludos.

pd. lo mejor es dividir la parte donde se pregunta y la parte donde se elimina ya que javascript trabaja del lado del cliente y php del lado del servidor