Bueno sí dijiste cosas como de desespero, pero nada práctico como para ayudarte eficientemente
A ver.
Quieres editar los videos para algunas notas, ok
Ahora, si puedes, mete uno de esos mpeg de origen a un programita llamado GSpot para conocer los codecs y saber por dónde puede estar el problema. No basta con saber que son mpeg, puen ser mpeg1 o mpeg2 con un bitrate de "n", con un audio en "n" formato, con una resolución espacial de "n"...
Luego, pasarlos a mpeg o avi, son cosas muy diferentes, qué formato quieres o necesitas sacar, un DVD, un VCD, archivos para compu, para mostrar o para almacenar...
Yo creo que primero debes demultiplexar (lo digo así sin saber lo que tienes en archivo), y multiplexar en un formato de audio estándar tipo wav, así lo pesca bien el Premiere