Para cargar una libreria nativa, ésta ha de estar en el java.library.path o se ha de cargar explicitamente con System.load(String). java.library.path es una propiedad de sistema así que se puede modificar al arrancar la JVM (con -D).
Algo más de explicación aquí:
http://www.inonit.com/cygwin/jni/helloWorld/load.html
o en tutoriales varios de JNI.
S!