Estructurar un sitio web

[j0nys]

Yo hago sitios web y por ahi tengo el problema de como estructurar estos.

Por ejemplo el dividir los distintos tipos de codigos, PHP, HTML, CSS, JavaScript en archivos distintos para usar el correcto cuando sea necesario me lleva al inconveniente de como organizar estos archivos, todo para que sea más eficiente y más facil a la hora de actualizar y/o modificar el sitio.

También quería mterme con AJAX y una de las ideas era de hacer dos versiones de la web, una version AJAX y otra HTML común para usuarios que no posean javascript (creo que pocos actualmente), pero principalmente por el tema de los buscadores. Obviamente van a ser utilizados de distintas formas, pero quería que ambas versiones usen los mismos codigos para no tener que hacer doble laburo.

Por lo tanto, mi pregunta es si alguien conoce algún modelo para estructurar las webs tanto en la divición del codigo como en la organización de los archivos, ya sea para webs tradicionales o algo más orientado a lo que es AJAX.

Gracias

J0nys.