Hola Fher!
Tu pregunta siempre va a dar lugar a múltiples discusiones. Por mi parte y por mi experiencia, he utilizado cookies de manera temporal, es decir, nunca las he programado en mis scripts. Normalmente propago el SID por cookies, pero son cookies que duran mientras dura el script, "Cookies de session".
Mas bien creo que tu pregunta se refieres a la manera de como propagar el SID de sesión, por que sea como sea, siempre utilizarás sesiones para autentificar. Hay dos maneras de propagar dicho SID, por url y por cookies, de las dos formas usas sesiones.
Espero me hayas comprendido!
Saludos