Hmmm... hace tiempo que no hago nada con JavaScript pero más o menos creo que para usar php se haría algo como:
<HTML>
<HEAD>
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
function dime_ay()
{
alert("¡ ay !");
}
</SCRIPT>
</HEAD>
<BODY>
<?
echo("
<INPUT TYPE=button VALUE='Pínchame' onclick='dime_ay();'>
");
?>
</BODY>
</HTML>