Integración de tecnologías

[Lucha]

Hola a tod@s:

Bueno. He decidido que mi forma de programar/diseñar webs va a utilizar las siguientes tecnologías para los siguientes cometidos:

-Capa de datos: php + xslt.
-Capa de estructura: xhtml.
-Capa de diseño: css.
-Capa de comportamiento: javascript.

Soy capaz de separar archivos individuales el javascript y el css, pero el php sigo embebiendolo en el xhtml. No se como separar estas dos tecnologías.

¿Alguien puede decirme como separo el php del xhtml, como lo hago con css (enlazandolo con "id") y con javascript (enlazandolo con "class")?

¿Conoceis de alguna web que tenga algún ejemplo que integre todas estas tecnologías como lo haría una web profesional?

Gracias por vuestras respuestas y vuestro tiempo.