El CSS es más flexible a la hora de posicionar, pero te causará problemas entre navegadores (que no son complicados de solucionar, pero requieren cierta experiencia).
Las tablas personalmente no me gustan, generan más código del necesario y dejan el html bastante feo, pero se podría considerar como ventaja la facilidad para maquetar rápidamente con ellas.
Los marcos no permiten crear diseños complejos, más que nada sirven si querés mantener un único menú de navegación. Tienen bastantes problemas de por sí, que podés leer por acá:
http://html.conclase.net/articulos/problemasmarcos
saludos