Que problema tienes? ahi mismo te estoy diciendo solo tienes que asignarle data desde tu resultado de tu consulta y ya funciona.
Código PHP:
// Conectar a la base
mysql_connect();
mysql_select($db);
// Enviar el query
$query = "SELECT * FROM tabla";
$result = mysql_query( $query );
$data = array();
// Obtener los resultados
while( $row = mysql_fetch_row( $result ) ) $data[] = $row;
mysql_free_result( $result );
mysql_close();
//Iniciar documento PDF
$pdf=new PDF();
$pdf->AliasNbPages();
//Titulos de las columnas
$header=array('Ref.Averia','Maquina','Localidd','Seccion','Fecha','Descripcion');
$pdf->SetFont('Arial','',10);
$pdf->AddPage();
$pdf->FancyTable($header,$data);
$pdf->Output();