No, el .exe que genera el flash trae incorporado su propio reproductor, así que el problema no es ese, más bien pienso que fué el proceso de quemado... Cómo los quemaste?? uno por uno, en una máquina para quemar varios a la vez?? qué marca de disco? son corrientes o son de marca reconocida? a qué velocidad grabaste??? <- creo que por aquí va el problema o que el quemador a medio proceso (si fuera uno a uno), digamos que se cansó y comenzó a quemar mal. de qué tamaño fué el archivo total?
