Sería lo mejor, aunque, ¿en donde se encuentra o encontrará tu base de datos?, en windows o en linux.
En mi caso cuando he usado php bajo windows uso apache en vez del IIS y he tenido buenos resultados.
Creo que sería algo "saludable" utilizar el linux por aquello de que corre en las 2 plataformas.
Saludos y quedo al pendiente de tus comentarios.