Según veo, tienes la siguiente matriz:
Código PHP:
array( array( "a", "b", "c" ) ,
array( 1 , 2, 3 ) );
Podrías dividir el problema de la siguiente manera. Primero, te apañas una función que te ordene un array. Luego, modificas esa función de manera que te haga las mismas substituciones en otro array.
Un saludo.