seguridad web

[mixba]

hola amigos:

queria saber que puedo hacer y que me recomiendan para darle mayor seguridad a mi web para protegerla de ataques maliciosos. mi mayor problema es que me modifican archivos al azar de mi web como si lo ubiese subido yo mismo via ftp que lo que me hacen es redireccionar hacia otra web o foro que estos tipos quieren y se les canta. ante esto que puedo hacer cosa que lo unico que pueda modificar es yo mismo desde mi ftp sin preocuparme que alguien haga daño?
pensé en algun momento hacer que todos los archivos sean de solo lectura pero mi sitio trabaja con algunos archivos en lectura y escritura por lo que mi idea no prosperó.

desde ya muchas gracias a todos por sus sugerencias e ideas.
Saludos